Dix-huit domaines de compétence fondamentaux (bugei juhakkei, bugei juhappan) étaient enseignés aux guerriers du Japon médiéval, et les ninjas n'y échappaient pas (on parle alors de ninpo juhappan) :

• Taijutsu (techniques à mains nues) : il comprenait :

  • Le Dakentaijutsu (frappes des poings et des pieds, bloquages), qui inclue le Koppojutsu (bris des os) et le Kosshijutsu (frappe des nerfs et des muscles)

  • Le Jutaijutsu (saisies), qui inclue le Nagewaza (projections) et le Shimewaza (étranglements)

  • Le Taihenjutsu (déplacement silencieux, roulades, sauts, chutes), qui inclue l'Ukemi (chutes), le Kaiten (roulades) et le Hichojutsu (sauts)

• Seishin Teki Kyoyo (raffinage spirituel) : le ninja travaillait au développement d'une connaissance profonde et aigüe de lui-même, de ses forces et faiblesses. Des exercices d'endurance mentale, de perception et de perspective étaient dispensés parallèlement à son entraînement physique

• Shurikenjutsu (techniques des lames de jet) : les shuriken étaient dissimulés dans des poches secrêtes, et servaient à harasser l'ennemi. Le Togakure-Ryu utilisait une étoile de jet spéciale à quatre pointes, nommée senban shuriken. Les bo shuriken étaient des darts droits.

• Yarijutsu (technique de la lance) : les ninja du Togakure-Jutsu apprenaient le maniement des lances standards japonaises comme armes de combat à moyenne distance. Les lances étaient rarement jetées lors du combat. Le Togakure-Ryu utilisait également la kama-yari ("lance-faucille"), une lance qui mesurait plus de 2 m 50 et était munie d'un crochet à son extrémité.

• Naginatajutsu (techniques de la hallebarde) : on s'en servait pour couper les jarrets des chevaux. Le ninja du Togakure-Ryu utilisait également le bisen-to, un fauchard massif.

• Kusarigama (chaine et faucille) : la chaine de cette arme servait à attraper l'adversaire, qu'on frappait avec la faucille à laquelle elle était attachée. Le kyoketsu-shoge, une arme similaire, était préférée du Togakure-Ryu.

• Kayakujutsu (feu et explosifs) : les ninjas étaient experts dans la mise en place et l'utilisation d'explosifs visant à démolir et à semer la confusion. L'apprentissage de l'utilisation des armes à feu apparut par la suite.

• Hensojutsu (déguisement et usurpation d'identité) : le travail d'espionnage nécessitait la capacité à assumer de fausses identités et à se déplacer sans être vu sur le théâtre des opérations. Le ninja devait savoir se déguiser rapidement en sept personnages classiques : saltimbanque (Sarugaku), ascète itinérant (komuso), moine de la montagne (yamabushi), acteur itinérant (hokashi), moine bouddhiste (sukke), fermier (tsunegata) et marchand (akindo)

• Shinobi iri (méthodes furtives) : le travail des déplacements (en silence ; pour couvrir de longues distances), de l'intrusion dans des endroits inaccessibles (franchir les murailles, rester dans l'ombre...).

• Bajutsu (équitation)

• Sui ren (techniques aquatiques) : nager silencieusement ; utiliser des embarcations spéciales ; combattre sous l'eau.

• Bo ryaku (stratégie) : l'apprentissage des tactiques non conventionnelles de tromperie, des complots politiques...

• Cho ho (espionnage) : l'art de localiser et de recruter des espions.

• Intonjutsu (évasion et dissimulation) : les ninjas étaient experts dans les techniques de "disparition" à volonté, qui faisaient un grand usage de la nature. Le goton-po (les 5 éléments d'évasion) était basé sur l'utilisation savante de la terre, de l'eau, du feu, du métal et du bois.

• Ten mon (météorologie)

• Chi mon (géographie)

En Kukishin-ryû, on parle de Happo Biken , les "8 voies et les épées secrêtes" :

• Taijutsu (déplacement du corps), Hichojutsu (sauts), Nawanage (jets de corde)
• Karate (combat à mains nues), Koppojutsu (bris d'os), Jutaijutsu (projections)
• Sojutsu (lance), Naginatajutsu (hallebarde)
• Bojutsu (bâton de 1,8m), Jojutsu (bâton de 1,2m), Hanbojutsu (bâton de 0,9m)
• Senban Nage (jet d'étoiles), Tokenjutsu (jet de lames), Shurikenjutsu (jet d'étoiles)
• Kajutsu (feux et explosifs), Suijutsu (techniques aquatiques)
• Chiku Jo (construction et pénétration de forteresses), Gunryaku Heiho (tactiques militaires)
• Onshinjutsu (dissimulation), Hensojutsu. (déguisement)
• Ken (épée), Kodachi (lames courtes), Jutte (bâton)