Selon le document de transmission de l'école Togakure

"Avec l'aide de leurs techniques de guerre, les pratiquants du Ninjutsu se distinguèrent dans les batailles de l’empereur MINJU afin de contrôler le Yamato, et apportèrent leur soutien dans la répression des rebelles connus sous le nom d'Ainu "

"Durant l'ère GENKO (1331-1334), les Ninjas combattirent aux côtés des familles NAWA KUSUNOKI et KHABATAKE"

"Durant l'ère KENMU (1334-1336), les Ninjas levèrent une armée de loyaux soldats fidèles à la cour du sud basée dans la province de Yoshino, et eurent une grande influence "

"Durant l'ère CHÔKYO (1487-1489), les Ninja harassèrent les troupes de la famille ASHIKAGA

"Durant l'ère EISHO (1504-1521), ils rejoignirent l'armée de la famille SEKITA et pourchassèrent la grande armée d'HOSOKAWA TAKAKUNI "

"Durant l'ère EISHO (1504-1521), au moment où ASHIKAGA YOSHITANE envoya ses troupes dans la province d'OMI pour attaquer ASHIKAGA YOSHIZUMI, les Ninjas de la province de KOGA prirent le parti d'ASHIKAGA YOSHITANE, alors que les Ninjas de la province d' IGA s'y opposèrent. Ce fut à la base de la discorde entre les Ninja d'IGA et de KOGA "

"Entre 1854-1859, les Ninjas se lièrent aux partisans de l'empereur et se levèrent contre le SHINSENGUMI qui était le dernier groupe de protection des TOKUGUWA durant les derniers jours du SHOGUNAT "

"En 1863, certains Ninjas se joignirent au TENCHUGUMI, un groupe d'extrémistes contrôlé par YOSHIMURA TORATARO et FUJIMOTO TESSEKI qui projetaient de renverser le gouvernement militaire des TOKUGAWA. Bien qu'ils levèrent une armée de nombreux mécontents, ils furent tous capturés et exécutés "

"Les Ninjas se distinguèrent sur le champ de bataille contre le gouvernement des TOKUGAWA. Ce fut lors de la bataille de TOBA FUSHIMI juste après le décret de la Restauration de MEIJI en 1867, et prirent le parti de l'empereur "